การให้วัคซีนเข้าร่างกายมี 5 วิธี ซึ่งในแต่ละวิธีจะมีเทคนิคที่แตกต่างกัน ดังนี้

1. การกิน (oral route)

ใช้ในกรณีที่ต้องการกระตุ้นภูมิคุ้มกันเฉพาะที่ โดยมากใช้กับวัคซีนชนิดเชื้อเป็น เช่น วัคซีนโปลิโอ
วัคซีนทัยฟอยด์ ทำให้เกิดภูมิคุ้มกันทั้งในลำไส้และกระแสเลือด

การหยอดวัคซีนโปลิโอ

• หากปลายหลอดพลาสติกสัมผัสกับปากหรือน้ำลายเด็ก ให้เปลี่ยนหลอดพลาสติกก่อนหยอดเด็กรายต่อไป
• หากทำการหยอดโปลิโอแล้ว เด็กพ่นออกมาหรืออาเจียนออกมาภายใน 5-10 นาที และพิจารณาแล้วว่ายาออกมาหมด สามารถหยอดซ้ำได้ แต่หากพิจาณาแล้วว่ายาที่หยอดเข้าไปมีโอกาสดูดซึมผ่านเยื่อบุภายในช่องปากแล้ว ก็ไม่จำเป็นต้องหยอดซ้ำ

2. การพ่นเข้าทางจมูก

เช่น วัคซีนไข้หวัดใหญ่ ทำให้เกิดภูมิคุ้มกันในทางเดินหายใจด้วย

3. การฉีดเข้าในหนัง (intradermal)

วิธีการนี้ใช้เมื่อต้องการลดแอนติเจนลง ทำให้เกิดภูมิคุ้มกันได้ดีเพราะกระตุ้นเซลล์ในผิวหนังและดูดซึมไปยังท่อน้ำเหลือง กระตุ้นภูมิคุ้มกันชนิดเซลล์เป็นสื่อได้ดี ใช้วัคซีนปริมาณน้อย การฉีดทำได้ยากต้องอาศัยความชำนาญ วัคซีนที่ให้ทางนี้ ได้แก่ วัคซีน BCG วัคซีนพิษสุนัขบ้า เป็นต้น

การฉีด BCG เข้าชั้นในหนัง (Intradermal injection; ID) ควรฉีดบริเวณไหล่ด้านซ้ายเพื่อให้เป็นแนวปฏิบัติเดียวกัน จะทำให้ง่ายต่อการตรวจสอบรอย BCG Scar ปัจจุบันพบว่ามีการฉีดหลายตำแหน่งไม่ว่าจะเป็นไหล่ข้างขวา หรือบริเวณก้น โดยเฉพาะในบริเวณก้น อาจมีความเสี่ยงที่จะทำให้เกิดการติดเชื้อได้จากการหมักหมมของอุจจาระและปัสสาวะที่มีโอกาสสัมผัสกับบริเวณที่ฉีดวัคซีน

4. การฉีดเข้าใต้ผิวหนัง (subcutaneous route)

ใช้กับวัคซีนที่ไม่ต้องการให้ดูดซึมเร็วเกินไป เพราะอาจเกิดปฏิกิริยารุนแรง และเป็นวัคซีนที่ไม่มีสารดูดซับ (adjuvant) เช่น วัคซีนรวมหัด คางทูม และหัดเยอรมัน (MMR) วัคซีนทัยฟอยด์ วัคซีนไข้สมองอักเสบเจอี (JE) เป็นต้น

การฉีดวัคซีนเข้าชั้นใต้ผิวหนัง (Subcutaneous fat)

5. การฉีดเข้ากล้ามเนื้อ (intramuscular route)

ใช้เมื่อต้องการให้การดูดซึมของวัคซีนดี วัคซีนที่มีสารดูดซับ (adjuvant) ต้องฉีดเข้ากล้ามเนื้อเสมอ เพราะถ้าฉีดเข้าในหนังหรือใต้หนังจะทำให้เกิดการอักเสบเป็นไตแข็งเฉพาะที่ได้ การฉีดเข้ากล้ามเนื้อมีบริเวณที่เหมาะสมสำหรับการฉีดอยู่ 2 ที่ คือ บริเวณต้นแขน (deltoid) ซึ่งเป็นบริเวณที่มีการดูดซึมดีที่สุด เพราะไขมันไม่มาก เลือดเลี้ยงดีและแขนมีการเคลื่อนไหวทำให้การดูดซึมของยาดี และบริเวณกึ่งกลางต้นขาด้านหน้าค่อนไปด้านนอก (mid anterolateral thigh) บริเวณกล้ามเนื้อ vastas lateral การฉีดบริเวณหน้าขามักนิยมฉีดในเด็กเล็ก เนื่องจากแขนยังมีกล้ามเนื้อน้อย ในเด็กวัยเรียนและผู้ใหญ่จะฉีดบริเวณต้นแขน วัคซีนที่ให้ทางกล้ามเนื้อ ได้แก่ วัคซีนรวมคอตีบ บาดทะยัก ไอกรน (DTP) วัคซีนตับอักเสบบี (HBV) และวัคซีนพิษสุนัขบ้า เป็นต้น

การฉีดวัคซีนเข้าชั้นกล้ามเนื้อ จำเป็นต้องทดสอบก่อนดันวัคซีนเข้าไป (aspiration)

ห้ามฉีดวัคซีนที่สะโพก เพราะอาจฉีดเข้าชั้นไขมันใต้หนังลงลึกไม่ถึงกล้ามเนื้อ

นอกจากนี้เลือดยังไปเลี้ยงสะโพกน้อยกว่าที่ต้นแขน อีกทั้งสะโพกมีการเคลื่อนไหวน้อย ทำให้ยาดูดซึมได้ไม่ดี และจะมีผลให้การสร้างภูมิต้านทานไม่ดีด้วย และที่สำคัญคืออาจทำให้เกิด sciatic nerve injury (เดินขาเป๋ตลอดชีพ) ทำให้เกิดความพิการได้