ปฏิกิริยาของร่างกายต่อวัคซีน ซึ่งโดยทั่วไปจะมีอาการไม่รุนแรงและจะหายไปเองได้ ดังนั้นหลังจากผู้รับบริการได้รับวัคซีนแล้วต้องให้คำแนะนำเกี่ยวกับอาการที่พบได้ สิ่งสำคัญต้องเน้นย้ำให้ผู้รับบริการอยู่สังเกตอาการเป็นเวลา 30 นาที หน่วยบริการต้องมีการจัดหาสถานที่และจัดกิจกรรมหรือเตรียมจัดมุมเล่นให้เด็กเล่นในขณะรอ อาการไม่พึงประสงค์ที่อาจพบได้และคำแนะนำการปฏิบัติตัว มีดังนี้

1. มีตุ่มหนองที่เกิดจากวัคซีน บีซีจี ที่ใช้ป้องกันวัณโรค โดยจะพบตุ่มหนอง หรือฝีหลังฉีด ประมาณ 2-3 สัปดาห์ และเป็นๆ ยุบๆ อยู่ 3-4 สัปดาห์ สามารถยุบหายเองได้ ไม่จำเป็นต้องใส่ยาหรือปิดแผล ให้รักษาบริเวณตุ่มหนองให้สะอาด โดยใช้สำลีสะอาดชุบน้ำต้มสุกที่ทำให้เย็นแล้ว เช็ดผิวหนังบริเวณรอบ ๆ ตุ่มหนองแล้วซับให้แห้ง ไม่ให้เจาะ บ่งตุ่มหนอง หรือทายาฆ่าเชื้อ บริเวณตุ่มหนอง หากตุ่มหนองนั้นเกิดขึ้นบริเวณที่ฉีดวัคซีนอื่นๆ ควรพามาพบแพทย์ หรือหากเป็นบริเวณที่ฉีด บีซีจี และมีตุ่มหนองเกิดขึ้นในบริเวณกว้าง อาจลามมาถึงรักแร้ และมีต่อมน้ำเหลืองโต ก็ควรมาพบแพทย์
2. อาการปวด บวมแดง หรือมีก้อนแข็งบริเวณที่ฉีดวัคซีน หากมีอาการปวดมาก ให้รับประทานยาแก้ปวดพาราเซตามอล โดยคำนวณจากน้ำหนักตัว คือ 10 mg. / น้ำหนักตัว 1 กิโลกรัม / ครั้ง และให้ประคบเย็นบริเวณที่ฉีดวัคซีนในวันแรก หลัง 24 ชั่วโมงไปแล้วให้ประคบอุ่นเพื่อลดอาการบวม ซึ่งจะเป็นประมาณ 2-3 วัน ดูแลทำความสะอาดโดยไม่ควรนำยาไปทาหรือยาผงชนิดต่างๆไปทาบริเวณที่ฉีดวัคซีน และหากเกิดก้อนแข็งบริเวณที่ฉีดวัคซีน ให้ประคบอุ่นต่อเนื่อง ประมาณ 2-3 เดือน ก้อนแข็งจะยุบลง
3. อาการไข้เป็นเรื่องที่พบบ่อยหลังจากฉีดวัคซีน คอตีบ ไอกรน บาดทะยัก ชนิด DTwP ให้ดูแลด้วยการเช็ดตัวลดไข้ ด้วยน้ำอุ่น โดยเช็ดบริเวณซอกคอ ข้อพับต่างๆ อาการจะหายไปเองภายใน 2-3 วัน ไม่ควรประทานยาลดไข้ป้องกันไว้ก่อนเพราะมีการเปรียบเทียบระหว่างกลุ่มเด็กที่ทานยาลดไข้ก่อน กับ กลุ่มที่ไม่ได้ทานยาลดไข้ก่อน พบว่ากลุ่มหลัง มีภูมิคุ้มกันเกิดขึ้นได้ดีกว่า หากมีไข้ควรให้รับประทานยาลดไข้ประเภทพาราเซตามอล ร่วมกับการเช็ดตัวลดไข้ หากมีอาการชักให้นำส่งโรงพยาบาลและควรให้ประวัติเกี่ยวกับการได้รับวัคซีนด้วย อาการไข้อาจเกิดขึ้นได้หลังฉีดวัคซีนรวม หัด หัดเยอรมัน คางทูม ไปแล้วประมาณ 5-10 วัน
4. อาการชักมักไม่เกิดจากผลของวัคซีนโดยตรง แต่อาจเกิดจากไข้สูงมากเกินไป ดังนั้น การป้องกันไม่ให้ไข้สูง จึงมีความสำคัญ ปกติถ้าดูแลเรื่องไข้ได้ก็จะไม่มีปัญหาเรื่องชัก แต่ถ้าอาการไม่ดีขึ้น มีการชักซ้ำและชักถี่ ควรนำส่งโรงพยาบาลทันที
5. อาการผื่นอาจเกิดได้จากการแพ้ส่วนประกอบในวัคซีนหรือตัวเชื้อที่อยู่ในวัคซีนโดยตรง เช่น หัดเยอรมัน คางทูม อีสุกอีใส เนื่องจากเชื้อเหล่านี้ทำให้เกิดไข้ออกผื่นอยู่แล้ว การฉีดวัคซีนป้องกันเชื้อเหล่านี้จึงสามารถทำให้เกิดผื่นคล้ายการติดโรคโดยธรรมชาติเช่นกัน แต่ผื่นที่ขึ้นจากการฉีดวัคซีนมักไม่อันตราย อาจขึ้นหลังจากฉีดไปแล้ว 5 – 10 วัน ร่วมกับอาการมีไข้ด้วย แต่หลังจากนั้นประมาณ 1 สัปดาห์ก็จะหายไปเอง
   ข้อแนะนำคือ ให้สวมเสื้อผ้าที่ระบายอากาศได้ดี เพื่อความสบายตัว หากผื่นขึ้นนานเกิน 7 วัน อาจไม่ใช่สาเหตุจากการฉีดวัคซีน ควรไปพบแพทย์ทันที เด็กบางรายหลังจากรับวัคซีนอาจมีอาการแพ้รุนแรง ควรรีบไปพบแพทย์ทันที โดยจะมีอาการ เช่น อาการบวมรอบตา รอบคอ หายใจไม่ออก ถ้ามีอาการเหล่านี้ควรรีบไปพบแพทย์โดยเร็ว