เกิดจากการได้รับวัคซีนที่ไม่ได้มาตรฐานตามเกณฑ์คุณภาพ ซึ่งอาจเกิดขึ้นได้จากกระบวนการผลิตที่ไม่ได้มาตรฐาน ทำให้มีการปนเปื้อนของเชื้อจุลชีพ หรือสารปนเปื้อนที่ไม่พึงประสงค์ในวัคซีน เช่น การปนเปื้อนของเชื้อแบคทีเรีย ไวรัส หรือเชื้อรา จากการควบคุมกระบวนการผลิตที่ไม่ดีพอ หรือปนเปื้อนเชื้อซึ่งใช้ผลิตวัคซีนที่ยังก่อโรคได้เนื่องจากกระบวนการทำลายฤทธิ์ไม่มีประสิทธิ์ภาพเพียงพอ หรืออาจเกิดจากการบริหารจัดการ เช่น ในการขนส่งมีการเก็บรักษาวัคซีนที่ไม่เหมาะสม ทำให้เกิดการเปลี่ยนแปลงเสียสภาพของวัคซีนที่ส่งผลกระทบถึงความปลอดภัย เป็นต้น