การประเมินผลการดำเนินงานสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรค มี 4 ประเด็นดังนี้

• การประเมินผลความครอบคลุมของงานสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรค
• การประเมินผลกระทบต่อโรคติดต่อที่ป้องกันได้ด้วยวัคซีน
• การประเมินผลกระทบของวัคซีนในด้านเศรษฐศาสตร์ สาธารณสุข
• การประเมินอัตราสูญเสียของวัคซีน

จะเห็นได้ว่า มีการติดตามประเมินผลการดำเนินของงานสร้างเสริมภูมิคุ้มโรคในหลายมิติ แต่สิ่งที่ผู้ปฏิบัติการสร้างเสริมภูมิคุ้มกันโรคต้องปฏิบัติได้ คือ การประเมินผลความครอบคลุมของการได้รับวัคซีนและการประเมินนผลความครอบคลุมของการให้บริการวัคซีน